孟加拉巨蜥的生殖系统与其他爬行动物一样,也是通过泄殖腔孔开口于体外。在雄性个体中,精囊腺位于泄殖腔壁上,呈白色半透明状;而雌性个体则没有这种器官。它们的输卵管长度为7.5厘米左右,直径约1.2毫米,并且盘绕成团,形似蚯蚓。卵巢很大,长4.8～5.3厘米,宽3.6～4.0厘米,重量可达30克以上。每次产卵两枚,但卵子的数目却不固定,平均每窝产卵1.2枚。
幼体孵化出来后,立即就能进食,而且还会随着年龄的增长逐渐消耗母体的营养储备。所以说,巨蜥虽然凶猛,但对自己的孩子却十分温柔。